Finansowanie programu odbywa się ze środków budżetowych określonych w części 83 -
rezerwy celowe, dział 758 - różne rozliczenia, rozdział 75818 - rezerwy ogólne i celowe,
poz. 12 przeznaczonej na zwalczanie chorób zakaźnych zwierząt (w tym finansowanie
programów zwalczania), badania monitoringowe pozostałości chemicznych i biologicznych
w tkankach zwierząt, produktach pochodzenia zwierzęcego i paszach, finansowanie zadań
zleconych przez Komisję Europejską oraz dofinansowanie kosztów realizacji zadań Inspekcji
Weterynaryjnej, w tym na wypłatę wynagrodzeń dla lekarzy wyznaczonych na podstawie
art. 16 ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. o Inspekcji Weterynaryjnej, lub poz. 8 w części podlegającej refundacji ze środków Unii Europejskiej oraz środków
budżetowych określonych w części 85 - budżety wojewodów, dział 010 - rolnictwo i łowiectwo,
rozdział 01022 - zwalczanie chorób zakaźnych zwierząt oraz badania monitoringowe pozostałości
chemicznych i biologicznych w tkankach zwierząt i produktach pochodzenia zwierzęcego.