2)
Departament Kontroli Odpadów;
3)
Departament Transgranicznego Przemieszczania Odpadów;
4)
Departament Monitoringu Środowiska;
5)
Departament Zwalczania Przestępczości Środowiskowej;
7)
Departament Administracyjno-Gospodarczy i Zamówień Publicznych;
8)
Departament Budżetowo-Finansowy;
9)
Departament Informatyzacji;
10)
Departament Współpracy Międzynarodowej;
11)
Centralne Laboratorium Badawcze;
12)
Krajowe Laboratorium Referencyjne do spraw jakości powietrza atmosferycznego;
13)
Krajowe Laboratorium Referencyjne do spraw jakości wód powierzchniowych;
14)
Biuro Dyrektora Generalnego;
15)
Zespół do spraw Kontroli i Audytu.